Pokud vím, BestCrypt nepodporuje keyfiles vůbec. Místo toho podporuje skutečné tokeny, a to i při bootu (mě to sice nějak nefungovalo, ale to mohlo být vším možným - mimo jiné tím, že Windowsy dost silně osekávám, takže třeba chyběla nějaká knihovna, nebo že jsem token strkal do USB hubu místo přímo do desky, nebo kdo ví co ještě...).
DCPP to v době, kdy jsem to zkoušel, nepodporoval, TC to nepodporuje dosud. PGP jsem nezkoušel, ale podle specifikací to zřejmě nepodporuje.
Celkem přijatelný workaround je ten Yubikey: hlavní výhodu keyfile (zvýšení složitosti hesla) splní taky, bezpečnostní limity má téměř stejné (problém je jen v tom, že klávesy se zachytávají snáz než keyfiles, ale pokud už se potřebuješ obávat zachytávání hesel, tak ani ty keyfiles nelze považovat za bezpečné.)